A honfoglalás során a magyar törzsek szövetsége birtokba vette az akkor túlnyomó részt lakatlan Kárpát-medencét. A honfoglalásig a Kárpátok északnyugati részének gyér szláv lakossága morva uralom alatt élt egy pár évtizede az Avar Birodalom 9. század eleji összeomlása óta.

I. István királlyá koronázásával létrejött a Magyar Királyság. Államvallássá tette a kereszténységet, megszervezte az egyházat, ennek keretében 2 érsekséget (Esztergom, Kalocsa) és 10 egyházmegyét hozott létre. Magyarországot megyékre osztotta, amik élén az ispán állt.

A Mongol Birodalom hordái elözönlötték Magyarországot, és csaknem teljesen elpusztították. A lakosság fele-harmada elpusztult. A muhi csatában a mongolok is jelentős veszteségeket szenvedtek. Kivonulásuk után IV. Béla újjászervezte Magyarországot. Engedélyezte a kővárak építését a földesuraknak, mert azok sikeresen ellen tudtak állni a mongoloknak. A várak túlnyomó többsége ezután épült meg. Az elpusztult lakosság helyébe német, román és szláv telepesek érkeztek.

A franciák felbujtására I Szulejmán szultán hadat indított Bécs ellen. Az osztrák herceg, I. Ferdinánd, II. Lajos magyar király sógora volt. Az Oszmán Birodalom serege Mohácsnál vereséget mért a magyar seregre, II. Lajos király is életét vesztette. A bárók egy része a Habsburg V. Károly császár öccsét, Ferdinándot, a köznemesség viszont a leghatalmasabb magyar bárót, Szapolyai Jánost (I. János) választotta királlyá. Az ország kettészakadt, és évtizedekig tartó harc kezdődött a hatalomért.

A törökök elfoglalták Magyarország fővárosát, Budát. Az ország középső része 150 évre török uralom alá került, az ország így három részre szakadt.

János Zsigmond (II. János), Szapolyai János fia lemondott a magyar királyi címről Habsburg Miksa javára, a továbbiakban a fejedelmi címet viselte. Ezzel hivatalosan létrejött az Erdélyi Fejedelemség, amely Magyarország Habsburgok által nem uralt keleti fele volt, és egyben az Oszmán Birodalom hűbérese.

Az Oszmán Birodalom támadást intézett a Habsburg Birodalom ellen, a harc Magyarország területén zajlott. 1596-ban Mezőkeresztesnél a törökök legyőzték a Habsburgok és az Erdélyi Fejedelemség egyesített seregét, de a diadal nem volt elsöprő.

1601-ben a háborúban tönkrement Erdélyi Fejedelemségben a császáriak Basta vezetésével rémuralmat vezettek be. A terror, a zsoldosok garázdálkodása és az erőszakos ellenreformáció miatt elégedetlen nemesség és városi polgárság élére Bocskai István állt, amiért a császár meg akarta fosztani birtokaitól. Bocskai maga mellé állította a hajdú harcosokat is. Hamarosan elfoglalta az egész Magyarország törökök által el nem foglalt részét, és 1605-ben a törököktől kapott koronával Magyarország királyává koronázták.

Bocskai István megállapodott Rudolf császárral, mely biztosította a magyar rendi jogokat és a vallásszabadságot, valamint Szatmár, Bereg és Ugocsa vármegyéket az Erdélyi Fejedelemséghez csatolta. Bocskai még ebben az évben betegségben elhunyt, utódaira Magyarország Erdélyből kiindulva megvalósítandó egyesítésének ideáját hagyta.

A harmincéves háború (1618-1648) elején a Habsburgok ellen lázadó cseh-morva-osztrák rendek szövetségeseként Bethlen Gábor erdélyi fejedelem hadba indult. Az egész Magyar Királyság csatlakozott hozzá, egyedül Pozsony osztrák védőit kellett kardélre hánynia. Szövetségeseivel ostrom alá vette Bécset. Homonnai Drugeth György azonban lengyel zsoldosokkal a hátországára támadt, így kénytelen volt az ostromot feladni. 1620. augusztus 25-én a Besztercebányai országgyűlés magyar királlyá választotta, a török hűbéreseként. A csehek 1620. november 8-ai fehérhegyi veresége után is folytatta a harcot, de a döntő győzelem reménye híján megegyezésre kényszerült II. Ferdinánd császárral.

A békefeltételek biztosították a magyar rendi jogokat, és később a vallásszabadság biztosításával egészítették ki. Bethlen Gábor lemondott királyi címéről, cserébe megakapta élete végéig a 7 felső-tiszai vármegyét (Szabolcs, Szatmár, Bereg, Ugocsa, Zemplén, Borsod, Abaúj), saját birtokul egyéb magyarországi birtokokat, valamint a birodalmi hercegi címet Oppeln-Ratibor sziléziai hercegségekkel. Bethlen 1623-ban és 1626-ban is hadba indult a Habsburgok ellen, de előnyösebb feltételeket nem tudott kialkudni.

I. Rákóczi György erdélyi fejedelem a harmincéves háborúban szövetségre lépett a svédekkel és a franciákkal és hadba vonult a Habsburgok ellen. 1645. július 18-án serege egyesült Torstenson svéd hadával Brünn (Morvaország) alatt. A kiváló erdélyi tüzérség lőni kezdte a város falát. Rákóczi azonban, miután értesült arról, hogy a török büntető hadjáratra készül Erdély ellen, amiért ő a törökök tiltása ellenére indult hadba III. Ferdinánd Habsburg császár ellen, kénytelen volt feladni a hadjárat folytatását.

Megerősítette a protestánsok szabad vallásgyakorlását és a jobbágyokra is kiterjesztette. I. Rákóczi György erdélyi fejedelem megkapta a Bethlen Gábor fejedelem birtokában volt hét vármegyét (Abauj, Zemplén, Borsod, Bereg, Ugocsa, Szabolcs, Szatmár) haláláig, Szabolcs és Szatmár vármegyét fiai is örökölhették. Ezen kívül a Rákóczi család birtokai is jelentősen gyarapodtak.

A Bécset ostromló török seregre vereséget mért a Habsburg Birodalom és a Lengyel Királyság egyesített serege. I. Lipót császár békét akart kötni a törökökkel, de azt IV. Mehmed szultán elutasította. 1684-ben XI. Ince pápa unszolására létrejött a Szent Liga, azaz a Lengyel Királyság, a Habsburg Birodalom, a Velencei Köztársaság és a Pápai állam szövetsége a török Magyarországról való kiűzésére. A törökökkel szövetséges Thököly Imre fokozatosan kiszorult Észak-Magyarországról.

A Szent Liga serege visszafoglalta Budát a törököktől. 1687-ben a császári sereg megszállta az Erdélyi Fejedelemséget. 1699-re (karlócai béke) a Temesköz kivételével egész Magyarország és Horvátország felszabadult az Oszmán Birodalom alól. A felszabadítást hátráltatta, hogy a franciák 1688-ban megszegték a békére tett ígéretüket, és a Habsburg Birodalomra támadtak. A Temesköz csak 1718-ban a pozsareváci békében tért vissza Magyarországhoz. A több mint 150 évig tartó folyamatos háború a török megszállók és a Habsburg önkényuralom ellen azonban a magyar lakosságot, amely az előtt az ország lakosságának 80%-át tette ki, nagy területeken pusztította ki és helyükre románok, szerbek és más szláv telepesek illetve németek költöztek. Ezen idegen népek betelepítését a Habsburgok is előnyben részesítették a "rebellis" magyarokkal szemben.

Az I. Lipót császár által kiadott Diploma Leopoldinum szerint Erdély újra a Magyar Királyság része lett és érvényben maradt a magyar jog is. A magyar, székely és szász nemzet a belügyeit önállóan igazgatta, és a vallásszabadság is megmaradt. Erdély Habsburg Birodalomba való beolvasztását az akadályozta meg, hogy 1690-ben török segítséggel Thököly Imrét átmenetileg erdélyi fejedelemmé választották.

A török kiűzése után a Habsburgok Magyarországot újonnan meghódított tartományként kezelték, és nem tartották tiszteletben az alkotmányos jogokat. A jobbágyság a háború szenvedései és a súlyos terhek miatt fellázadt a Habsburg uralkodó ellen, II. Rákóczi Ferencet hívták meg vezetőjüknek, aki XIV. Lajos francia király által ígért segítségben bízva elvállalta. Rákóczi maga mellé állította a nemességet is, így csakhamar az ország nagy része irányítása alá került. A felkelőket kurucoknak hívták. 1704-ban a franciák és bajorok vereséget szenvedtek a höchstadti csatában, ami megfosztotta a magyarokat a nemzetközi szövetségesiektől. A ruszin, szlovák és román parasztok és a szepességi szászok a szabadságharcot támogatták, de pénz hiányában erős reguláris sereget Rákóczi nem tudott kiállítani, és a délvidéki szerbek és az erdélyi szászok is a Habsburgokat szolgálták. 1710-ben súlyos pestisjárvány is sújtotta Magyarországot. Rákóczi Nagy Páter orosz cárral próbált eredménytelenül szövetséget kötni. Távollétében tudta nélkül főparancsnoka, Károlyi Sándor elfogadta József császár békeajánlatát. A szatmári béke formálisan visszaállította a magyar alkotmányt és a vallásszabadságot, valamint amnesztiát biztosított, a jobbágyság terhein azonban nem enyhített. Rákóczi nem fogadta el a kegyelmet, száműzetésbe vonult. A törökországi Rodostóban halt meg.